Dima Kozakov: шукати на сайті Z-Library

Найбільша колекція наукових статей у сіті. 70,000,000+ безкоштовних статей.

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024

Z-Library - одна з найбільших онлайн-бібліотек у світі, в якій зберігається більше 17,000,000 книг та 84,837,000 статей. Ми намагаємось зробити літературу доступною кожному. Сьогодні (15 вересня 2024) ми відкриваємо додатковий збір пожертвувань на підтримку та розвиток проекту.

Також БЕЗЛІМТНІ завантаження (протягом 31 дня після завершення пожертвування) доступні для ВСІХ користувачів, які підтримають проект в період збору коштів до 1 жовтня 2024.

Про збір коштів Детальніше

Підтримати

Книги
Статті (71)
Найпопулярніші
Перелік
- Перелік
- Таблиця

Hot Spot Analysis for Driving the Development of Hits into Leads in Fragment-Based Drug Discovery

Hall, David R., Ngan, Chi Ho, Zerbe, Brandon S., Kozakov, Dima, Vajda, Sandor

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.92 MB

english, 2012

How proteins bind macrocycles

Villar, Elizabeth A, Beglov, Dmitri, Chennamadhavuni, Spandan, Porco, John A, Kozakov, Dima, Vajda, Sandor, Whitty, Adrian

Журнал:

Nature Chemical Biology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.61 MB

english, 2014

Performance and Its Limits in Rigid Body Protein-Protein Docking

Desta, Israel T., Porter, Kathryn A., Xia, Bing, Kozakov, Dima, Vajda, Sandor

Журнал:

Structure

Рік:

2020

Файл:

PDF, 2.29 MB

2020

Domain motion and interdomain hot spots in a multidomain enzyme

Gwo-Yu Chuang, Ritcha Mehra-Chaudhary, Chi-Ho Ngan, Brandon S. Zerbe, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Lesa J. Beamer

Журнал:

Protein Science

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 404 KB

english, 2010

PIPER: An FFT-based protein docking program with pairwise potentials

Dima Kozakov, Ryan Brenke, Stephen R. Comeau, Sandor Vajda

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 386 KB

english, 2006

Docking with PIPER and refinement with SDU in rounds 6–11 of CAPRI

Yang Shen, Ryan Brenke, Dima Kozakov, Stephen R. Comeau, Dmitri Beglov, Sandor Vajda

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 274 KB

english, 2007

ClusPro: Performance in CAPRI rounds 6–11 and the new server

Stephen R. Comeau, Dima Kozakov, Ryan Brenke, Yang Shen, Dmitri Beglov, Sandor Vajda

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 213 KB

english, 2007

Discrimination of near-native structures in protein–protein docking by testing the stability of local minima

Dima Kozakov, Ora Schueler-Furman, Sandor Vajda

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 328 KB

english, 2008

Structural insights into recognition of β2-glycoprotein I by the lipoprotein receptors

Dmitri Beglov, Chang-Jin Lee, Alfredo De Biasio, Dima Kozakov, Ryan Brenke, Sandor Vajda, Natalia Beglova

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 419 KB

english, 2009

Achieving reliability and high accuracy in automated protein docking: Cluspro, PIPER, SDU, and stability analysis in CAPRI rounds 13–19

Dima Kozakov, David R. Hall, Dmitri Beglov, Ryan Brenke, Stephen R. Comeau, Yang Shen, Keyong Li, Jiefu Zheng, Pirooz Vakili, Ioannis Ch. Paschalidis, Sandor Vajda

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 298 KB

english, 2010

Minimal ensembles of side chain conformers for modeling protein–protein interactions

Dmitri Beglov, David R. Hall, Ryan Brenke, Maxim V. Shapovalov, Roland L. Dunbrack Jr., Dima Kozakov, Sandor Vajda

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.57 MB

english, 2012

Detection of ligand binding hot spots on protein surfaces via fragment-based methods: application to DJ-1 and glucocerebrosidase

Melissa R. Landon, Raquel L. Lieberman, Quyen Q. Hoang, Shulin Ju, Jose M. M. Caaveiro, Susan D. Orwig, Dima Kozakov, Ryan Brenke, Gwo-Yu Chuang, Dmitry Beglov, Sandor Vajda, Gregory A. Petsko, Dagmar

Журнал:

Journal of Computer-Aided Molecular Design

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 574 KB

english, 2009

Relationship between Hot Spot Residues and Ligand Binding Hot Spots in Protein–Protein Interfaces

Zerbe, Brandon S., Hall, David R., Vajda, Sandor, Whitty, Adrian, Kozakov, Dima

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.24 MB

english, 2012

Convergence and combination of methods in protein–protein docking

Sandor Vajda, Dima Kozakov

Журнал:

Current Opinion in Structural Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 251 KB

english, 2009

Where does amantadine bind to the influenza virus M2 proton channel?

Dima Kozakov, Gwo-Yu Chuang, Dmitri Beglov, Sandor Vajda

Журнал:

Trends in Biochemical Sciences

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 264 KB

english, 2010

Analysis of Binding Site Hot Spots on the Surface of Ras GTPase

Greg Buhrman, Casey O′Connor, Brandon Zerbe, Bradley M. Kearney, Raeanne Napoleon, Elizaveta A. Kovrigina, Sandor Vajda, Dima Kozakov, Evgenii L. Kovrigin, Carla Mattos

Журнал:

Journal of Molecular Biology

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.95 MB

english, 2011

Rigid Body Energy Minimization on Manifolds for Molecular Docking

Mirzaei, Hanieh, Beglov, Dmitri, Paschalidis, Ioannis Ch., Vajda, Sandor, Vakili, Pirooz, Kozakov, Dima

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.09 MB

english, 2012

The Structural Basis of Pregnane X Receptor Binding Promiscuity

Ngan, Chi-Ho, Beglov, Dmitri, Rudnitskaya, Aleksandra N., Kozakov, Dima, Waxman, David J., Vajda, Sandor

Журнал:

Biochemistry

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.14 MB

english, 2009

Binding Hot Spots and Amantadine Orientation in the Influenza A Virus M2 Proton Channel

Chuang, Gwo-Yu, Kozakov, Dima, Brenke, Ryan, Beglov, Dmitri, Guarnieri, Frank, Vajda, Sandor

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 515 KB

english, 2009

Optimal Clustering for Detecting Near-Native Conformations in Protein Docking

Kozakov, Dima, Clodfelter, Karl H., Vajda, Sandor, Camacho, Carlos J.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 390 KB

english, 2005

DARS (Decoys As the Reference State) Potentials for Protein-Protein Docking

Chuang, Gwo-Yu, Kozakov, Dima, Brenke, Ryan, Comeau, Stephen R., Vajda, Sandor

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 317 KB

english, 2008

Sampling and scoring: A marriage made in heaven

Vajda, Sandor, Hall, David R., Kozakov, Dima

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 729 KB

english, 2013

How good is automated protein docking?

Kozakov, Dima, Beglov, Dmitri, Bohnuud, Tanggis, Mottarella, Scott E., Xia, Bing, Hall, David R., Vajda, Sandor

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 742 KB

english, 2013

Detection of peptide-binding sites on protein surfaces: The first step toward the modeling and targeting of peptide-mediated interactions

Lavi, Assaf, Ngan, Chi Ho, Movshovitz-Attias, Dana, Bohnuud, Tanggis, Yueh, Christine, Beglov, Dmitri, Schueler-Furman, Ora, Kozakov, Dima

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 710 KB

english, 2013

Insights into the Architecture of the eIF2Bα/β/δ Regulatory Subcomplex

Bogorad, Andrew M., Xia, Bing, Sandor, Dana G., Mamonov, Artem B., Cafarella, Tanya R., Jehle, Stefan, Vajda, Sandor, Kozakov, Dima, Marintchev, Assen

Журнал:

Biochemistry

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 8.19 MB

english, 2014

Stimulators of translation identified during a small molecule screening campaign

Shin, Unkyung, Williams, David E., Kozakov, Dima, Hall, David R., Beglov, Dmitri, Vajda, Sandor, Andersen, Raymond J., Pelletier, Jerry

Журнал:

Analytical Biochemistry

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.17 MB

english, 2014

Comprehensive Experimental and Computational Analysis of Binding Energy Hot Spots at the NF-κB Essential Modulator/IKKβ Protein–Protein Interface

Golden, Mary S., Cote, Shaun M., Sayeg, Marianna, Zerbe, Brandon S., Villar, Elizabeth A., Beglov, Dmitri, Sazinsky, Stephen L., Georgiadis, Rosina M., Vajda, Sandor, Kozakov, Dima, Whitty, Adrian

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.24 MB

english, 2013

Efficient Maintenance and Update of Nonbonded Lists in Macromolecular Simulations

Chowdhury, Rezaul, Beglov, Dmitri, Moghadasi, Mohammad, Paschalidis, Ioannis Ch., Vakili, Pirooz, Vajda, Sandor, Bajaj, Chandrajit, Kozakov, Dima

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.00 MB

english, 2014

Robust Identification of Binding Hot Spots Using Continuum Electrostatics: Application to Hen Egg-White Lysozyme

Hall, David H., Grove, Laurie E., Yueh, Christine, Ngan, Chi Ho, Kozakov, Dima, Vajda, Sandor

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.55 MB

english, 2011

Docking Server for the Identification of Heparin Binding Sites on Proteins

Mottarella, Scott E., Beglov, Dmitri, Beglova, Natalia, Nugent, Matthew A., Kozakov, Dima, Vajda, Sandor

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.97 MB

english, 2014

[IEEE 2012 IEEE 51st Annual Conference on Decision and Control (CDC) - Maui, HI, USA (2012.12.10-2012.12.13)] 2012 IEEE 51st IEEE Conference on Decision and Control (CDC) - A message passing approach to Side Chain Positioning with applications in protein docking refinement

Moghadasi, Mohammad, Kozakov, Dima, Mamonov, Artem B., Vakili, Pirooz, Vajda, Sandor, Paschalidis, Ioannis Ch.

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 419 KB

english, 2012

Detection of peptide-binding sites on protein surfaces: The first step toward the modeling and targeting of peptide-mediated interactions

Assaf, Lavi, Chi Ho, Ngan, Dana, Movshovitz-Attias, Tanggis, Bohnuud, Christine, Yueh, Dmitri, Beglov, Ora, Schueler-Furman, Dima, Kozakov

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 34 KB

english, 2014

[IEEE 2013 IEEE 52nd Annual Conference on Decision and Control (CDC) - Firenze (2013.12.10-2013.12.13)] 52nd IEEE Conference on Decision and Control - Flexible refinement of protein-ligand docking on manifolds

Mirzaei, Hanieh, Villar, Elizabeth, Mottarella, Scott, Beglov, Dmitri, Paschalidis, Ioannis C., Vajda, Sandor, Kozakov, Dima, Vakili, Pirooz

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 384 KB

english, 2013

[IEEE 2012 IEEE 51st Annual Conference on Decision and Control (CDC) - Maui, HI, USA (2012.12.10-2012.12.13)] 2012 IEEE 51st IEEE Conference on Decision and Control (CDC) - A new approach to rigid body minimization with application to molecular docking

Mirzaei, Hanieh, Kozakov, Dima, Beglov, Dmitri, Paschalidis, Ioannis Ch., Vajda, Sandor, Vakili, Pirooz

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 345 KB

english, 2012

[IEEE 2013 IEEE 52nd Annual Conference on Decision and Control (CDC) - Firenze (2013.12.10-2013.12.13)] 52nd IEEE Conference on Decision and Control - A new distributed algorithm for side-chain positioning in the process of protein docking

Moghadasi, Mohammad, Kozakov, Dima, Vakili, Pirooz, Vajda, Sandor, Paschalidis, Ioannis C.

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 335 KB

english, 2013

Energy Minimization on Manifolds for Docking Flexible Molecules

Mirzaei, Hanieh, Zarbafian, Shahrooz, Villar, Elizabeth, Mottarella, Scott, Beglov, Dmitri, Vajda, Sandor, Paschalidis, Ioannis Ch., Vakili, Pirooz, Kozakov, Dima

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 672 KB

english, 2015

[IEEE 2014 IEEE 53rd Annual Conference on Decision and Control (CDC) - Los Angeles, CA, USA (2014.12.15-2014.12.17)] 53rd IEEE Conference on Decision and Control - Optimization on the space of rigid and flexible motions: An alternative manifold optimization approach

Vakili, Pirooz, Mirzaei, Hanieh, Zarbafian, Shahrooz, Paschalidis, Ioannis Ch., Kozakov, Dima, Vajda, Sandor

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 473 KB

english, 2014

The Impact of Side-Chain Packing on Protein Docking Refinement

Moghadasi, Mohammad, Mirzaei, Hanieh, Mamonov, Artem, Vakili, Pirooz, Vajda, Sandor, Paschalidis, Ioannis Ch., Kozakov, Dima

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.12 MB

english, 2015

The FTMap family of web servers for determining and characterizing ligand-binding hot spots of proteins

Kozakov, Dima, Grove, Laurie E, Hall, David R, Bohnuud, Tanggis, Mottarella, Scott E, Luo, Lingqi, Xia, Bing, Beglov, Dmitri, Vajda, Sandor

Журнал:

Nature Protocols

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 6.40 MB

english, 2015

Ligand deconstruction: Why some fragment binding positions are conserved and others are not

Kozakov, Dima, Hall, David R., Jehle, Stefan, Luo, Lingqi, Ochiana, Stefan O., Jones, Elizabeth V., Pollastri, Michael, Allen, Karen N., Whitty, Adrian, Vajda, Sandor

Журнал:

Proceedings of the National Academy of Sciences

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1003 KB

english, 2015

Evidence of Conformational Selection Driving the Formation of Ligand Binding Sites in Protein-Protein Interfaces

Bohnuud, Tanggis, Kozakov, Dima, Vajda, Sandor, Briggs, James M.

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.60 MB

english, 2014

Ligand Binding and Activation of PPARγ by Firemaster® 550: Effects on Adipogenesis and Osteogenesis in Vitro

Pillai, Hari K., Fang, Mingliang, Beglov, Dmitri, Kozakov, Dima, Vajda, Sandor, Stapleton, Heather M., Webster, Thomas F., Schlezinger, Jennifer J.

Журнал:

Environmental Health Perspectives

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 878 KB

english, 2014

New Frontiers in Druggability

Kozakov, Dima, Hall, David R, Napoleon, Raeanne L., Yueh, Christine, Whitty, Adrian, Vajda, Sandor

Журнал:

Journal of Medicinal Chemistry

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.78 MB

english, 2015

46 Encounter complexes and dimensionality reduction in protein-protein association

Kozakov, Dima, Vakili, Pirooz, Paschalidis, Ioannis Ch., Vajda, Sandor

Журнал:

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 491 KB

english, 2015

Lessons from Hot Spot Analysis for Fragment-Based Drug Discovery

Hall, David R., Kozakov, Dima, Whitty, Adrian, Vajda, Sandor

Журнал:

Trends in Pharmacological Sciences

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.27 MB

english, 2015

Structural conservation of druggable hot spots in protein–protein interfaces

Dima Kozakov, David R. Hall, Gwo-Yu Chuang, Regina Cencic, Ryan Brenke, Laurie E. Grove, Dmitri Beglov, Jerry Pelletier, Adrian Whitty and Sandor Vajda

Журнал:

Proceedings of the National Academy of Sciences

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.33 MB

english, 2011

180 Towards the high-resolution, ab initio modeling of peptide-mediated interactions

Alam, Nawsad, Lavi, Assaf, London, Nir, Raveh, Barak, Kozakov, Dima, Schueler-Furman, Ora

Журнал:

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 438 KB

english, 2015

Conservation and Covariance in Small Bacterial Phosphoglycosyltransferases Identify the Functional Catalytic Core

Lukose, Vinita, Luo, Lingqi, Kozakov, Dima, Vajda, Sandor, Allen, Karen N., Imperiali, Barbara

Журнал:

Biochemistry

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.23 MB

english, 2015

[IEEE 2014 IEEE 53rd Annual Conference on Decision and Control (CDC) - Los Angeles, CA, USA (2014.12.15-2014.12.17)] 53rd IEEE Conference on Decision and Control - A Subspace Semi-Definite programming-based Underestimation (SSDU) method for stochastic global optimization in protein docking

Nan, Feng, Moghadasi, Mohammad, Vakili, Pirooz, Vajda, Sandor, Kozakov, Dima, Paschalidis, Ioannis Ch.

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 480 KB

english, 2014

Accounting for pairwise distance restraints in FFT based protein-protein docking

Xia, Bing, Vajda, Sandor, Kozakov, Dima

Журнал:

Bioinformatics

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 148 KB

english, 2016